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HorticRes福建农林大学陈世 [复制链接]

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近日,HorticultureResearch在线刊出了福建农林大学陈世品刘仲健研究组题为ThePhoebegenomeshedslightontheevolutionofmagnoliids的重要成果。该研究成果完成了楠木全基因组测序和比较基因组分析,揭示了楠木的植株形态、材质形成的分子机制与木兰类植物的进化关系。

木兰类(Magnoliids)植物有多个种,由樟目(Laurales)、白樟目(Canellales)、木兰目(Magnoliales)和胡椒目(Piperales)组成。尽管已有5种木兰类物种完成了基因组测序,但木兰类植物与单双子叶植物之间的系统发育关系仍然不确定。闽楠(Phoebebournei)俗称楠木,属于木兰类的樟目,主要分布于中亚热带常绿阔叶林地带,是中国二级珍稀渐危树种。其木材芳香耐久,纹理结构美观,是重要建筑和制造高级家具的珍贵用材;其次,其树干通直,树冠茂盛,被作为行道树广泛种植。楠木寿命长,生长缓慢,再加上过渡砍伐,导致楠木自然群体破碎化。因此,对楠木进行全基因组测序,将为楠木及其他木兰类植物的起源、进化、多样性和保护提供新的见解。

Fig.1MorphologicalfeaturesofNanmu.Survey测序评估了楠木基因组大小约为1Gb,杂合度为1.54%。利用二代测序(Illumina)+三代测序(PacBio)组装了.19Mb大小的基因组(ContigN50=.05Mb),其中68.51%为重复序列,比牛樟(Cinnamomumkanehirae)基因组中的重复系列多0.5%。楠木基因组中注释了8,个蛋白编码基因,其中7,个基因得到了功能注释。基于贝叶斯法构建的系统发育树和基于氨基酸序列构建的串联树和并联树均支持木兰类是单双子叶植物的姐妹类群,而基于核苷酸序列构建的串联树和并联树支持木兰类与单子叶植物共享同一个祖先,说明在单双子叶植物以及木兰类的分化存在不完全谱系排序(in
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